人類文明歷史中面對宇宙的自然哲思，都是由感官經驗而來的整體觀照，近代西方文明源頭的希臘傳統，對宇宙構成有水火風土的說法，這與中國傳統的金木水火土是類似的思維，簡單的說就是借喻，也就是用具象感受闡釋抽象意念。

近代科學上承希臘傳統，也接收了那個傳統一個找尋最小結構的思維，所謂「原子」的概念，這個概念可以說主導著近代西方科學的思維，由物質到生命，一脈相承，至今未止。

希臘傳統中原子的概念，有出自最小美妙數學結構的思維，這本來是希臘自然哲學的一個特質，因此近代科學也有秉承這個數學邏輯而來的思維結構，但是就一個大的演進趨勢來看，向著微小結構探索的分化思維，或者稱之為「化約論」（也有稱為「還原論」），確實是一個主流方向。

近代科學的成功，不止於一個道理，實證作為帶來的應用有效性，一般認為是最主要的原因，而在思維方向上的化約論，對近代科學的成功，可說有推波助瀾之效，這也正是近代主流科學，一直念念不忘於一個化約論方向的道理所在。

「化約論」的思維認為，要認知一個事物的最好方法，是探究它可能的最底或最小的結構，而且也認為，只要了解了事物的最低結構，就可以據以「還原」而認知整個複雜體系的究竟道理。

物質科學的化約論，由十九世紀到二十世紀表現得最為明顯，十九世紀末由實驗與理論交互對話而建構的原子模型，到後來二十世紀理論先行的量子力學，正都是一個化約論大方向下的發展，雖說物質科學枝繁葉茂，還有許多其他的發展，但毫無疑問的，其中主要有著一個化約論主導的思維，而且由於這個思維在物質科學的成功，也同樣成為後來主導生命科學發展的方向。

代表生命科學化約思想之一的分子生物學，雖說是二十世紀才開始發展，但卻是由十九世紀遺傳分離原則概念漸進而來，如果進一步溯本追源，近代科學革命之前的歐陸文藝復興，事實上也給這種思維播下了種仔。一般知道文藝復興時期醫學的一個大進展，乃是人體解剖學，解剖學一方面給後來近代醫學帶來實徵觀察的基礎，一方面也奠下將整體生命局部分化的概念。

「化約論」思維運作，並不都是成功的，縱然在一個控制的實驗環境中，自然宇宙和生命現象依然有許多非線性因果的複雜作用，「化約論」中細微結構的因果關聯，如何在巨觀結構也顯現出同樣意義，長久一直是近代科學的大挑戰，生命現象由於還牽涉到生存意義的價值問題，這方面的挑戰也就更為嚴峻。

對於「化約論」科學困境的討論已經很久很多，然而近代科學在一個既定體制之中，主流發展仍然是依循既有的模式，但是隨著物質和生命科學遭遇的困境，譬如物質科學追尋最小結構的解釋理論以及其實驗意義的困境，生命科學在以單一基因作為解釋準則的難局，都讓科學領域內部有愈來愈多反省的聲音。

在物質科學的領域，當探究的尺度趨向極端微小，十九世紀末以降，那種客觀可觀察實驗現象導引出理論發展的過程，已不復存在，現今的許多實驗，一部是分是在猜測推衍的理論方向上，作結論預置性的模型探究，許多的實驗證據，也只能是相當間接的，賦予意義的訊號，這方面的爭論，在頂尖的理論和實驗物理學家之間，早已有之且愈見頻繁。

生物科學尤其顯著，「化約論」主導的分子生物學發展，以迄於基因決定論生物學的思維，在許多生物的複雜現象中，也日益顯現出無法圓滿解釋的困境，因此在演化生物學中，最近有相當大的聲音，提倡所謂的「延伸演化綜合論」，強調整個有機體生物適應演化中的重要性，明顯的是一個回頭走向「整體統合」的概念。

哲學的辯論往往並不能帶來共識，因為不同的論點經常是在站在不同的視野，一個論點的價值，最後往往是取決於現實意義之上。今日科學的發展方向，也取決於一個現實的意義，那就是明顯的效果，這個效果決定了思維的方向，方向也就決定了我們觀察宇宙現象的角度。

許多支持近代科學發展的論點，最喜歡聲稱的是近代科學帶來的進步面貌，譬如經濟的繁盛發展，另外更為直接的，是人類平均壽命的延長，許多都將之歸功於近代科學帶來物質科學知識，因此產生的技術革命，以及生命科學知識進展所帶來的醫療效果。

這種說法中有許多不可否認的事實，但是在一個看似簡單事實表象的背後，卻有許多更深層的內裏面向。過去半個多世紀擴張經濟的發展，有一個人口快速擴張，但資源相對豐富的客觀條件，加上一個資本主義市場經濟的推波助瀾，近年世界經濟出現的一些問題，已經顯現出這個發展方式所面對的局限性。

最近《自然》和《經濟學人》兩本刊物，不約而同的介紹一本書《怡然就死--醫學和人生應如何終結》。這本書主要是說，近代醫學似乎許諾一個各種疾病都可治癒的美好願景，事實上卻造成許多人陷於機器設備，在恐懼環境和陌生看顧環繞中，走向死亡。

這本書也特別強調，許多所謂老年的疾病，並不需要治療，只要創造一個合適的生活環境，便可緩解，而如癌症等症的存活時間與是否積極治療，也沒有直接關聯。所謂「怡然就死」，並不止於目前強調「安寧醫療」的最後階段，事實上，重新思考以化約思維面對生命現象的「竭盡根除」近代醫學作為，也許是時候了。